Zwiedzanie rynku podziemnego to prawdziwa podróż po średniowiecznym Krakowie. Na trasie zostały udostępnione odkryte w latach 2005-2010 zabytki w których odbija się codzienne życie średniowiecznych krakowian. W czasie tej podróży zobaczymy relikty osady przedlokacyjnej, trakty drożne, fragmenty murów Kramów Bolesławowych, Kramów Bogatych oraz piwnice Sukiennic. Ponadto dowiemy się w jaki sposób dbano o higienę, jak spędzano czas wolny, z czego kobiety produkowały kosmetyki, jak się ubierano oraz jakimi towarami handlowano i gdzie. Poznamy zwyczaje pogrzebowe i dowiemy się na czym polegał pochówek antywampiryczny. Zaobserwujemy, jak wyglądał Kraków w XV wieku, jak pracowali kowal i złotnik, zobaczymy autentyczne wytwory średniowiecznego rzemiosła (biżuterię, elementy stroju kobiecego, męskiego, narzędzia i in.)

Trzy oddziały na Trasie Pamięci zostały poświęcone dziejom Krakowa w czasie II wojny światowej: Fabryka Emalia Oskara Schindlera "Kraków – czas okupacji 1939 – 1945" wystawa opowiada o losach Krakowa i jego mieszkańców, zarówno Polaków, Żydów jak i Niemców w czasie okupacji z wykorzystaniem oryginalnych przedmiotów, fotografii i dokumentów z czasów wojny. Dowiemy się jakie relacje łączyły Żydów i Polaków przed wojną, jak funkcjonowało i rozwijało się miasto w tym czasie, jaka była reakcja mieszkańców na wkroczenie wojsk niemieckich do Krakowa. Dowiemy się również jak zachowywali się Niemcy w stosunku do obywateli, jakie porządki wprowadzali, jakie mieli plany zagospodarowania miasta. Zapoznamy się także z tragicznym losem Żydów krakowskich, poznamy osobę Oskara Schindlera który uratował swoich żydowskich robotników przymusowych przed zagładą w niemieckich obozach koncentracyjnych.

Apteka została założona przez Józefa Pankiewicza w 1909 r. Od 1934 r. prowadzenie apteki przejął jego syn, Tadeusz. Po wybuchu II wojny światowej znalazła się ona na terenie getta. Tadeusz Pankiewicz otrzymał zgodę od władz niemieckich na jej prowadzenie. Zarówno właściciel, jak i osoby zatrudnione w aptece byli naocznymi świadkami tragicznych akcji likwidacyjnych i ostatecznej zagłady getta i jego mieszkańców. Muzeum zostało poświęcone zagładzie Żydów krakowskich oraz postaci jej właściciela. Wystawa składa się z sześciu części, w których zapoznamy się z historią miejsca i wydarzeniami, jakie miały miejsce przed utworzeniem getta oraz w trakcie jego istnienia, a także z relacjami naocznych świadków wielu tragicznych wydarzeń tego okresu.

Wystawa mieści się w Domu Śląskim przy ul. Pomorskiej którego pomieszczenia w czasie okupacji niemieckiej zostały zarekwirowane na potrzeby prowadzonych przez gestapo śledztw. W piwnicach zobaczymy cele z oryginalnymi inskrypcjami które wykonali więźniowie. Wystawa składa się z trzech części. W pierwszej zapoznamy się z historią Domu Śląskiego, w drugiej z losami ofiar niemieckiego terroru, masowymi egzekucjami i miejscami masowych straceń oraz sytuacją w więzieniach. Dowiemy się jak wyglądało przesłuchanie, jakich narzędzi tortur używano, zapoznamy się też z życiorysami konfidentów, katów i ich ofiar. Część trzecia została poświęcona sytuacji miasta po wkroczeniu do niego Armii Czerwonej, zapoznamy się z historią deportacji, procesami pokazowymi, poznamy los Generała Augusta Emila Fieldorfa "Nila", zobaczymy również jak doświadczano terroru na tle życia codziennego.